圣方济各（约 1181-1226）去世两年后即被册封为圣徒，阿西西的圣方济各圣殿从 1228 年开始建造，形成罕见的上下两层结构：下层教堂安放圣方济各的墓，上层教堂用于礼拜与朝圣。

上层教堂中殿两侧的 28 幅壁画描绘圣方济各生平，传统上归功于乔托及其画坊，是 13-14 世纪意大利壁画最重要的作品之一。画中人物摆脱了拜占庭式的僵直，动作与表情更具叙事性，背景里的建筑与自然也开始具有空间感。下层教堂则有契马布埃、西蒙内·马蒂尼等画家的作品。

1997 年地震曾使教堂部分拱顶坍塌，损坏的壁画经过多年修复后重新开放。今天这里既是天主教最重要的朝圣地之一，也是研究意大利早期文艺复兴壁画不可绕过的一站。